Investigadores del ibs.GRANADA validan una técnica que permite acelerar el diagnóstico masivo de COVID19 por PCR
Según un estudio coordinado desde el Instituto de Investigación Biosanitaria ibs.GRANADA en el Hospital Universitario de Clínico San Cecilio de Granada, la agrupación de muestras o pooling mejora la eficiencia en el diagnóstico por infección de SARS COV-2
El grupo de investigación de resistencias a antiretrovirales del ibs.GRANADA ha coordinado, junto al grupo de Microbiología del Hospital Universitario de Santiago de Compostela, un estudio multicéntrico que consiste en analizar las muestras recogidas de forma nasofaríngea por grupos, con la intención de aumentar la eficiencia del diagnóstico por infección de SARS COV-2. La técnica, llamada pooling, consiste en procesar grupos de muestras, en lugar de muestras individuales, mediante PCR Real Time.
En este estudio se han procesado 342 grupos de 10 muestras individuales y 11 grupos de 9 muestras individuales, encontrando que 253 grupos (2519 muestras) fueron negativos y 99 grupos (990 muestras) fueron positivos. El total de muestras positivas fue de 241 muestras, solo un 6,85% de todos los participantes del estudio, por lo que esta estrategia de agrupación habría ahorrado 2167 pruebas de PCR.
Esta técnica ha mostrado ser muy eficiente, pero cuando la prevalencia es muy alta no resulta tan útil para determinar la infección por SARS COV-2. Solo resulta óptimo emplearla cuando la prevalencia poblacional no excede del 10%. De esta forma, el tamaño del pool, es decir, de la agrupación, va a depender de la incidencia que haya en ese momento.
Esta investigación, liderado por el Dr. Federico García, investigador principal del grupo y Microbiólogo del Hospital Universitario Clínico San Cecilio, ha mostrado una alta eficiencia en el diagnóstico con la agrupación de muestras en comparación con el análisis individual, demostrando en todos los casos un excelente rendimiento en términos de sensibilidad, especificidad y capacidad predictiva tanto si el resultado es positivo, como negativo.
En este momento la incidencia actual en Granada es inferior al 10%, por lo que se pueden realizar pooles de 10 muestras individuales. De esta forma, la capacidad de procesamiento de las muestras por PCR para obtener unos resultados puede aumentar hasta 10 veces.
Este trabajo, en el que se han empleado muestras de más de 3.500 pacientes, ha sido publicado en una de las revistas más prestigiosas de Microbiología, Clínical Microbiology and Infection, situada entre las diez primeras del ranking mundial de la especialidad.
Los resultados de este estudio, contribuyen a aumentar la capacidad para realizar determinaciones en los laboratorios, se convierte en una herramienta de gran utilidad en el diagnóstico y cribado de diferentes colectivos, especialmente para la atención a las personas más vulnerables y a los considerados como esenciales.
Sobre el Grupo de investigación
El grupo de investigación de resistencias a antiretrovirales del ibs.GRANADA, liderado por el Dr. Federico García que desarrolla su labor en la Unidad de Microbiología del Hospital Universitario Clínico San Cecilio de Granada, coordina la Red Española de Investigación del VIH sobre subtipos y resistencias y colabora con varias organizaciones europeas sobre resistencia al VIH (ESAR-SPREAD, Eurocord-CHAIN, EuRESIST-INTEGRATE) y resistencia a la hepatitis (SHARED, HEPCARE). Ha participado activamente en una investigación reciente sobre la resistencia a fármacos transmitidos en España y Europa, en la investigación genotípica del tropismo viral del VIH, en la importancia clínica de la viremia de bajo y muy bajo nivel del VIH y en la epidemiología molecular del VIH para orientar las intervenciones de salud pública. El grupo también participa activamente en la investigación del virus de la hepatitis C, coordinando diversas actividades en el GEHEP (Grupo Español de Estudio de Hepatitis Virales de la Sociedad Española de Microbiología Clínica y Enfermedades Infecciosas), y es coordinador de HEPCRESP, la cohorte nacional española de resistencia del VHC a nuevos AAD. El grupo también está en el Comité Directivo de HEPCARE (Europa) y SHARED (Global) hepatitis.
Referencia bibliográfica
Sample pooling for SARS-CoV-2 RT-PCR screening
Adolfo de Salazar, Antonio Aguilera, Rocio Trastoy, Ana Fuentes, Juan Carlos Alados, Manuel Causse, Juan Carlos Galán, Antonio Moreno, Matilde Trigo, Mercedes Pérez-Ruiz, Carolina Roldán, Maria José Pena, Samuel Bernal, Esther Serrano-Conde, Gema Barbeito, Eva Torres, Cristina Riazzo, Jose Luis Cortes-Cuevas, Natalia Chueca, Amparo Coira, Juan Manuel Sanchez-Calvo, Eduardo Marfil, Federico Becerra, María José Gude, Ángeles Pallarés, María Luisa Pérez Del Molino, Federico García,
Clinical Microbiology and Infection (2020). Volume 26, Issue 12.
https://doi.org/10.1016/j.cmi.2020.09.008.
