Científicos del ibs.GRANADA desarrollan un software para el análisis de ARN, moléculas clave en múltiples enfermedades y potenciales biomarcadores
El estudio, publicado en la prestigiosa revista Nucleic Acids Research, presenta la última actualización de sRNAbench, un software para análisis de datos de secuenciación de microRNAs, de gran utilidad en el campo biomédico
El grupo multidisciplinar TEC-16 de Terapias avanzadas: diferenciación, regene-ración y cáncer del Instituto de Investigación Biosanitaria de Granada (ibs.GRANADA), que integra investigadores de la Facultad de Ciencias y de Medicina de la Universidad de Granada, en colaboración con varios grupos internacionales de Países Bajos y Noruega, han publicado la última versión del software sRNAbench. Utilizado en más de 200 publicaciones científicas, se trata de uno de los programas punteros en el análisis de datos de secuencia-ción masiva de microRNAs.
Los microRNAs o miRNAs son ARNs pequeños muy importantes para la regulación de la expresión génica y del comportamiento celular. Estas moléculas se encuentran presentes tanto en el interior de las células, como en los diferentes biofluidos como la sangre, la orina, el líquido cefalorraquídeo, etc. Suelen ser liberados por las células de forma libre o en el interior de vesículas extracelulares. Su desregulación se ha asociado con distintos tipos de cáncer y de enfermedades autoinmunes. Por esta razón, tienen un gran potencial como biomarcadores de dichas patologías, y en los últimos años el número de secuenciación de estas moléculas ha aumentado considerablemente.
En esta última versión del software sRNAbench desarrollada desde el ibs.GRANADA y la Universidad de Granada, y publicada recientemente en Nucleic Acids Research, se ha optimizado para un uso sencillo por parte de usuarios no experimentados, así como para permitir el análisis de gran cantidad de muestras simultáneamente. Con ello se espera que llegue a un mayor número de investigadores.
En este estudio realizado desde el ibs.GRANADA, se muestra un ejemplo de aplicación con pacientes de bronquiectasia. Esta enfermedad, donde se produce una dilatación anormal e irreversible del árbol bronquial, se puede agravar cuando se produce una infección por la bacteria Pseudomonas aureginosa. Gracias a las nuevas funcionalidades incorporadas en esta nueva versión de sRNAbench, es posible detectar la presencia de esta bacteria en muestras de pacientes infectados que presentaban síntomas, incluso con un cultivo negativo.
Además, como los miRNAs también pueden ser liberados en el interior de vesículas a los fluidos corporales, en otro estudio de investigadores del área de Terapias Avanzadas y Tecnologías Biomédicas del ibs.GRANADA, para el que se empleó este software llamado sRNAbench, relacionó la presencia de ciertos miRNAs asociados a vesículas con el linfoma de Hodgkin, detectado en pacientes mediante técnicas diagnósticas de imagen como el PDF-PET.
El desarrollo de esta nueva versión del software por estos científicos granadinos, facilita la labor de todos los investigadores en el ámbito de miRNAs, un campo con aplicación a multitud de aspectos biomédicos y con gran potencial de traslación clínica.
El trabajo ha sido financiado por el proyecto europeo ELBA: Towards widespread clinical application of blood-based diagnostic tolos, el proyecto de de investigación de excelencia “Implementation of a novel platform to monitor tumour heterogeneity as a crucial determinant for individualized diagnostic and therapeutic outcome” (PIE16/00045), financiado por el Instituto de Salud Carlos III y por la Cátedra Doctores Galera y Requena de Investigación en células madre cancerígenas de la Universidad de Granada.
Sobre el grupo de investigación
El grupo de investigación “Terapias Avanzadas: diferenciación, regeneración y cáncer” del ibs.GRANADA, liderado por Juan Antonio Marchal Corrales, centra su investigación en dos ejes principales: la medicina regenerativa y la oncología experimental, desde una perspectiva traslacional e interdisciplinar, con aplicación en diagnóstico y el uso terapéutico para beneficiar la salud de pacientes con enfermedades de alta prevalencia, como las enfermedades degenerativas y el cáncer. Esta orientación multidisciplinar e interdisciplinar tiene como base el uso de los conocimientos en nanotecnología y nanomedicina para cumplir estos objetivos. Algunas de sus líneas de investigación son la aplicación terapéutica de células madre adultas y progenitoras en patologías, la bioimpresión 3D y desarrollo de biotintas y generación de biomateriales naturales y sintéticos con aplicación patologías prevalentes, el desarrollo de modelos preclínicos para nuevos tratamientos útiles en medicina regenerativa y cáncer, la terapia génica del cáncer: genes suicidas y sistemas CAR-T para tumores sólidos y el uso de citoquinas quiméricas en diferenciación celular.
Más información sobre el grupo en https://www.ibsgranada.es/grupos-de-investigacion/tec16-terapias-avanzadas-diferenciacion-regeneracion-y-cancer/
Referencias bibliográficas:
Ernesto Aparicio-Puerta, Cristina Gómez-Martín, Stavros Giannoukakos, José María Medina, Chantal Scheepbouwer, Adrián García-Moreno, Pedro Carmona-Saez, Bastian Fromm, Michiel Pegtel, Andreas Keller, Juan Antonio Marchal, Michael Hackenberg, sRNAbench and sRNAtoolbox 2022 update: accurate miRNA and sncRNA profiling for model and non-model organisms, Nucleic Acids Research, 2022; gkac363, https://doi.org/10.1093/nar/gkac363
Esther E. E. Drees,Margaretha G. M. Roemer,Nils J. Groenewegen,Jennifer Perez-Boza,Monique A. J. van Eijndhoven,Leah I. Prins,Sandra A. W. M. Verkuijlen,Xuan-Mai Tran,Julia Driessen,G. J. C. Zwezerijnen,Phylicia Stathi,Kevin Mol,Joey J. J. P. Karregat,Aikaterini Kalantidou,Andrea Vallés-Martí,T. J. Molenaar,Ernesto Aparicio-Puerta,Erik van Dijk,Bauke Ylstra,Catharina G. M. Groothuis-Oudshoorn,Michael Hackenberg,Daphne de Jong,Josée M. Zijlstra,D. Michiel Pegtel, Extracellular vesicle miRNA predict FDG-PET status in patients with classical Hodgkin Lymphoma, Journal of Extracellular Vesicles, 2021; jev2.12121, https://doi.org/10.1002/jev2.12121
